Le Genjutsu qui signifie Techniques d'illusion regroupe les techniques reposant sur l'illusion. Elles nécessitent, comme le ninjutsu, du chakra et des incantations.Les personnes qui manipulent le genjutsu peuvent tromper leurs adversaires en manipulant l'environnement. La victime sera alors comme dans un rêve éveillé : elle aura l'impression de sentir, d'entendre et de percevoir des choses qui n'existent pas. Le genjutsu manipule les flux de chakra dans le cerveau de la victime, troublant ses sens. Le seul moyen de se débarrasser d'une illusion est de bloquer son chakra un court instant puis de le libérer d'un coup pour faire voler en éclats l'illusion. Si cela ne marche pas, une personne doit déverser son chakra dans le corps de la victime pour perturber son flux de chakra afin de briser l'illusion, le genjutsu ne fonctionne pas sur un jinchûriki qui contrôle très bien son bijû car le bijû envoie son propre chakra pour rompre l'illusion, comme Naruto, Killer bee et le Yondaime Mizukage qui contrôlent bien leurs bijûs.