Le ninjutsu est le repertoire de toutes les techniques ninjas n'étant pas du corps à corps ou des illusions. Ce repertoire est très varié allant de la métamorphose aux techniques se basant sur la nature du chakra en passant par le changement de forme du chakra.
Le ninjutsu consomme du chakra et nécessite des incantations. Le ninjutsu étant varié, sa maîtrise aide dans des situations tout aussi variées.
Les techniques simple sont celles qui nécessite que du chakra et la connaissance des incantations. Ce sont des techniques de base comme la métamorphose ou la technique de clonage. Certaines, plus compliquées, sont néanmmoins simples dans le sens que le simple entrainement suffit à les maîtriser.
Les techniques basées sur un des cinq éléments nécessitent savoir changer la nature de son chakra. C'est plus compliqué car il faut connaitre sa nature de chakra et savoir modifier la nature de son chakra.
Les techniques basées sur une forme précise sont difficiles dans le sens où il faut pouvoir modeler son chakra jusqu'à le rendre visible aux yeux de l'adversaire, ce qui signifie avoir une grande quantité de chakra à disposition.
Les techniques de ninjutsu les plus dures à apprendre et à réaliser sont les techniques combinant le changement de forme avec le changement de nature du chakra car il faut pouvoir faire les deux en même temps et pour certaines techniques cela peut se révéler quasiment impossible.