Une nouvelle histoire commence, un nouveau destin pour le monde Shinobi, monde rétro-futuriste où multitudes de technologies ont vu le jour.
La paix règne dans les cinq grands villages: Konoha, Suna, Kiri, Kumo et Iwa. Le village caché de Kumo et celui de Kiri avance tous deux seuls, dans la paix et la prospérité tandis que le village de konoha vit paisiblement depuis maintenant plusieurs années avec son allié qui est Suna. Tous ses villages cachés vivent dans la paix portant à leur tête un kage, l'hokan de konoha Senju Hashito, le Kazekage de Suna Tsubaki Sabaku, le Mizukage de Kiri Mamoru Hoshigaki et le raikage de Kumo Makoto Shishio, un mystérieux homme dont personne ne connaît bien. Quoique la paix se soit installé depuis longtemps sur le monde Shinobi, tous ne sont point innocents, certains auraient déserté leurs villages respectifs, en quête de liberté et de plus de pouvoir, ces déserteurs pillent, violent et tuent des gens sans raison, par simple plaisir. Il semble que ses hommes aient pris le contrôle du village d'Iwa entre leurs griffes, s'alliant, sont finis par former un groupe, une organisation criminelle: (à voir plus tard)mené par Orochimaru et son bras droit Yakushi Kabuto, ils ont détrôné Yahïkô et l'ont condamné à l'exil.
Aujourd'hui, le village d'Iwa est tenu d'une main de fer par Orochimaru et ses hommes, il possède le pouvoir absolu et décide de tout dans l'enceinte d'Iwa, mais Yahikô ne compte pas se laisser faire. L'ex dirigeant du village de la pluie se dirige donc vers le pays du fer, emmené par un quintette de l’élite, ayant survécu à l’assaut des nukenin, son but est donc de conclure une alliance. La nouvelle se répand dans tous les villages, certains commencent à s'entrainer dur, d'autres préparent déjà un plan d'attaque en cas de guerre potentielle... La question ou plutôt les questions:
" qui va rester tapis dans l'ombre tandis que les autres iront se battre ? Qui décidera d'attaquer qui ? Quand Yahikô va-t-il réussit à reprendre les commandes de son peuple avec l'aide des Samurai ? Vous possédez la plume qui écrira la suite de cette histoire.